Valspråk:
Gud (är) min tröst. Gud (är) min styrkaKarl IX, 1550-1611, svensk regent 1599, son till Gustav Vasa och Margareta Leijonhufvud.
Karl fick en stor del av Svealand som hertigdöme vid faderns död. Han medverkade till Erik XIV:s avsättning men kom senare ofta i spänt förhållande till Johan III genom sin stridbara protestantism och sin månhet om sitt hertigdömes oavhängighet.
Efter broderns död ledde Karl motståndet mot Sigismund och den katolska reaktionen. Det kom då till öppen brytning mellan Karl och riksrådet, vars främsta medlemmar efter Sigismunds nederlag vid Stångebro 1598 utlämnades till Karl och senare avrättades i Linköpings blodbad 1600. Vid rättegången uppträdde Karl själv som åklagare. Hans uppträdande kan knappast ha tilltalat de tillresta främmande sändebuden. Han svor mest hela tiden och när det visade sig att försvaret var starkt förlorade han tålamodet totalt: "Sjutusand dieflar hafver jag lofvat dem, och det skall jag hålla".
Vadstena kloster var ett av de sista katolska fästena i Sverige. Dit begav sig ärkelutheranen Karl för att stänga klostret en gång för alla. Nunnorna skickades iväg utomlands och klostret plundrades på allt lösöre, Sankta Birgittas och Sankta Katarinas ben hade tagits upp från relikskrinet och gömts, men Karl tog snart reda på var de fanns och begravde dem på okänd plats utom räckhåll för nunnorna. Klosterbiblioteket flyttades till Vadstena slott för att användas till förladdningar åt knektarnas kanoner. Denna svenska kulturskymning pågick samtidigt som Shakespeare publicerade Hamlet 1601, Cervantes publicerade Don Quixote 1605 och Kepler formulerade sina astronomiska lagar 1609.
Karl var nu landets obestridde ledare, men antog kungatiteln först 1604 och lät kröna sig 1607. Genom den polska fejden invecklades Sverige även i Rysslands inbördesstrider. Slutligen kom Karl även i krig med Danmark, så att han vid sin död lämnade i arv åt sonen Gustav II Adolf tre krig att avsluta. Karl IX dog till följd av en hjärnblödning.
Karl hade ärvt faderns folkliga, praktiska läggning och förmåga till politisk överblick men även hans maktlystnad och häftiga sinnelag. Han var gift två gånger: 1579 med Maria av Pfalz, med vilken han hade dottern Katarina, som blev mor till Karl X Gustav; 1592-1611 med Kristina av Holstein-Gottorp (1573-1625), med vilken han hade barnen Gustav Adolf om vilken Karl lär ha yttrat: ille faciet, lat, 'han ska göra det', åsyftande de uppgifter han själv inte mäktat slutföra, Karl Filip (1601-22), vilken 1611 var påtänkt som tsar av Ryssland, och Maria Elisabet. Illegitim son till Karl var Carl Carlsson Gyllenhielm.
Karl IX grundade även staden Göteborg, vilket är föga känt. Han insåg vikten av en bosättning vid Västerhavet och han drog upp planerna för en mycket speciell stad, som enbart skulle befolkas av holländare. Staden placerades på norra sidan av Göta älv vid nuvarande Färjenäs (nära nuvarande Älvsborgsbrons norra fäste).
Eftersom holländarna hade goda kontakter med Europas bankväsende och kungen var i stort behov av pengar för att finansiera de tre krig som pågick på olika fronter. Holländarna fick stora privilegier, bl.a. skattefrihet i 20 år, religionsfrihet och gynnsamma tullar. Staden började byggas 1603 efter holländskt mönster och 1607 fick staden sina slutgiltiga privilegier. Men danskarna ville inte ha någon konkurrens om handeln och i juni 1611 överfölls den nya staden av danskarna och jämnades med marken.
Samma år dog Karl IX och det blev sonen, Gustav II Adolf som fick börja uppbyggnaden av staden på nytt. Göteborgs stads privilegieurkund undertecknades av kungen den 4 juni 1621- detta år har alltid räknats som det år då staden Göteborg grundades.