Efter Chr III's død, boede Dorothea på Koldinghus. Hun forsøgte at blive gift med Chr. III's halvbror, Herug hans den Ældre, med det blev forpurret af kirken og dele af familien. Bisat i Sønderborg Slotskapel (opkaldt efter hende). I 1581 lod sønnen Fr. II hende gravsætte i Roskilde Domkirke. En søster til Dorothea blev gift med Gustav Vasa af Sverige.